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應觀眾要求，《間諜速成班》充滿活力的二人組–中央情報局資深特務阿傑與他 14 歲的繼女兼門徒蘇菲，在高中合唱團於義大利巡迴演出時，因針對梵蒂岡的邪惡核武陰謀而中斷，他倆再次聯手，拯救世界。

中央情報局探員阿傑（戴夫巴帝斯塔 飾）因下手過狠搞砸任務而面臨降級，他最後的翻身機會是一項臥底任務，不料這個行動竟被9歲小女孩蘇菲（克蘿伊寇爾曼 飾）識破，為了保住飯碗，阿傑與蘇菲交換條件，她保密，他則教她如何成為間諜。

一場巨大的醜聞發生後，著名美南浸信會教堂的牧師娘Trintie Childs試圖幫助她的牧師先生Lee-Curtis Childs重新組織起他們的信眾。