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革命歷228年，不列顛尼亞與歐洲共和國聯盟（E.U.）的戰爭進入白熱化階段。EU本土因不列顛尼亞軍師朱利葉斯·金斯利的計策而瀕臨崩潰。 長久以來，埋伏於暗處的真·日向·夏英格，如願走向血腥舞台的最中間。

革命歷228年，歐洲共和國聯盟（E.U.）因不列顛尼亞軍師朱利葉斯·金斯利的計策而瀕臨崩潰。 為阻止不列顛尼亞的進攻，阿基德等人駕駛亞歷山大空降奇襲不列顛尼亞的飛行兵器，並在當中與無人機激烈交戰。一心想要為同伴約翰尼報仇的阿修雷·阿修羅早已埋伏於此，與阿基德、佐山流等發生戰鬥，最終因阿基德的Gea

信暴走的Geass。阿基德決心和哥哥進行最後的戰鬥。由於成瀨幸也放出了的炸彈，不列顛軍減少到了三分之一，不過包圍了的wZERO部隊處於壓倒性地不利的狀況的事實不變。在那裡身為敵人的阿修雷作為新的朋友加入。在最後一場戰鬥之前，阿基德把自己的頭髮剪掉交給了蕾拉。

皇歷2017年（革命歷228年）、不列顛尼亞與歐洲共和國聯盟（E.U.）的戰爭還在持續。身處劣勢的E.U.軍將11區－－在不列顛尼亞佔領之下亡國的日本人－－集結起來設定特殊部隊、「wZERO隊」 E.U.軍向wZERO隊發出了新的命令——讓他們空降敵陣詐攻。這項命令太過殘酷，隊長蕾拉之下包括這幾位

百合曾經是非常受同性歡迎的女孩，如今嫁給了一位男人。百合的高中女友小悅以及大學女友綾小姐，皆以朋友身分出席了婚禮。兩人因前任戀人的婚禮而傷心欲絕，卻又互相吸引；在畢業典禮上，男校老師澤突然被學生矢崎告白，這讓澤老師的內心動盪不已，但典禮仍舊得如常舉行；小新暫時搬到被父母拋棄的表姊小夜子的家，小新與青

在因「重啟」而被重新啟動的數碼世界，被選召的孩子們和搭檔數碼獸們重逢。然而，緬因貓獸仍保存有以往的記憶，為尋找芽心卻消失了。在尋找緬因貓獸的過程中，出現了一名身份不明的男子。男子揭露「重啟」是世界樹的意志，孩子們則被機械邪龍獸和鋼鐵海龍獸攻擊。產生共鳴的孩子們與數碼獸搭檔再次究極進化，擊退了機械邪龍