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距離巴斯特（Jonathan Brandis飾）離開大魔域後已經有好一陣子了，然而當巴斯特為了找書，又來到當初發現大魔域之書的書店時，他卻發現大魔域書裡的故事情節發生重大變故，邪惡魔法師即將統治世界…巴斯特將如何拯救全世界的童話故事呢？

忍者神龜們發現了變種物質的洩漏之處,但史萊德同時也發現這一秘密,於是他們之間又展開了新一輪的戰鬥,而忍者神龜們也在戰鬥中得到了提高!