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世界最大的體育盛會「WSG -World Sports Games-」暌違多年將在東京舉辦。日本為盛大舉行開幕儀式，展現日本最尖端技術──世界首創最高時速1000km的「真空超電導新幹線」，在新名古屋站和東京之間開通！在世人目光的注視下，知名大會贊助商匯集的會場中，各大企業老闆光天化日下相繼被綁架。

怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室秘寶「回憶之卵」。柯南與服部聯合保護「回憶之卵」，但把作案時間推理錯誤令基德得逞，但基德於逃走中途被狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。

2131年，地球爆發大規模的世界大戰，各大主要城市盡成廢墟，人們流離失所。諷刺的是，這場摧毀人類文明的大戰最終沒有任何戰勝國。幸存的人類將原來的綜合管理機構改造成名為奧林帕斯的基地，以此作為幸存者的理想國。 　　少女琉南•納茲在一座廢棄城市與火力強大的人造人展開激烈戰斗，危急時刻，她的前男友布裏亞

揭露以往未能公開的懸案：讓柯南、灰原哀縮小的「APTX4869」藥物的秘辛；青春熱血的「少年偵探團」曾調查過的神祕案件；備受關注的人氣角色的行動及想法將陸續曝光。 高中生偵探工藤新一與毛利蘭在熱帶樂園約會時，意外發現行動詭異的黑衣男子——琴酒等人，新一便發揮他的偵探精神獨自跟蹤他們，沒想到竟被灌下