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1879 年，劍心與夥伴們面對前所未見的強敵：劍心的前小舅子雪代緣，以及他那誓言復仇的一群手下。

緋村劍心是日本十九世紀的傳奇劍客，在動盪的幕府末年捲入爭鬥中。他曾是令人聞風喪膽的「千人斬拔刀齋」，在「新時代」來臨後過著和平的生活。當志志雄真實接替劍心成為「影子殺手」後，因為知道太多新政府的骯髒事，在新時代崛起之時，被人刺傷後放火焚燒。然而他存活下來，全身包裹著繃帶，自此在京都黑社會集結叛變的前

劍心（佐藤健　飾）來到京都，欲阻止想征服日本的志志雄（藤原龍也　飾），並與志志雄的部隊發生正面衝突。然而志志雄正準備駕駛裝甲艦－煉獄號襲擊東京。劍心為了拯救被志志雄抓走並丟入海中的小薰（武井咲　飾），他奮不顧身跳入海裡卻獨自被沖上岸，被師父比古清十郎（福山雅治　飾）救起。劍心深知以自己目前的實力無法

利用過去的假面騎士們的記憶，邪惡的巨大能量體－假面騎士Core誕生了。為了阻止擁有可怕力量的Core，OOO和W一同前往地球的核心。兩位騎士和使出壓倒性力量的Core開始了一場激戰。他們穿越了地底的岩漿，朝著Core的力量之源前進。

變身為假面騎士OOO的火野映司協同夥伴Ankh與修卡戰鬥。誰知關鍵時刻，戰局突然發生意外，一列時空列車Den Liner不期而至出現在二人面前。二人趁亂登上列車，列車回到了1971年，假面騎士電王與異魔神展開輸死決鬥。當他們重返自己所處的時代，發現整個世界已經天翻地覆，修卡前所未有壯大，幾乎統治了全

西曆2021年，世界被混亂和恐怖包圍著。 古代OOO，跨越800年以後再次地復活。人類瀕臨滅絕的危機時，旅行中的火野映司歸來。作為反抗者的他，與後藤慎太郎及伊達明，還有泉比奈等人攜手戰鬥。 與ANKH再次相遇的「某日的明天」會實現嗎…。

鴻上光生聯同旗下研究團隊到達德國圖林根叢林深處，為得到傳說中「失落的硬幣」而解開800年前製造核心硬幣的鍊金術士遺跡的封印。 沉睡的鍊金術士Gala因此而復活，把整片封印之地轉移至日本和奪走火野映司及Greeed等人的核心硬幣，並宣言終結這個世界，成為新世界的王 － 真正的OOO。

故事發生在被天牆分為三塊的假面騎士Build的世界，竟然出現了假面騎士Ex-aid世界的敵人「缺陷者病毒」而展開冒險。為何不該出現在這的敵人會來到這世界？面對神祕敵人而毫無應對方法的戰兔，一個身體半邊被金屬覆蓋的神祕男人突然出現在他眼前！