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巧虎島上的花陸續地枯萎，琪琪家的花店也不得不因此休業，而巧虎爸爸栽培的花也枯萎了，種種的事情讓島上的大家都沒了精神。就在此時，在大家的祕密基地裡出現了花仙子「呼呼」，究竟為何花朵會枯萎呢？巧虎和他的好朋友們為了幫助呼呼和花朵展開了一段有趣及驚險的奇幻冒險。

巧虎在海邊發現受傷的小白鯨，巧虎島上的人們一起幫助小白鯨恢復健康後，決定將小白鯨送到水族館裡。但這樣小白鯨就再也回不到媽媽身邊；於是巧虎他們決定陪著小白鯨去找媽媽。海裡的世界很特別也有很多危險，巧虎他們能夠一一克服，幫小白鯨找到媽媽嗎？

秋季運動會即將來臨，大野和杉山負責帶領他們的白組進行訓練。怎料過程中兩人的兄弟情陷入危機。大野同學更要跟隨家人離開清水市，小丸子擔心大野和杉山這對好兄弟的友情難以修復。

巧虎、琪琪、妙妙和桃樂比一起前往卡歐先生的家，卡歐先生開心分享他超級厲害的發明SUPER YA號，它是一個非常特別的機器人。突然，實驗室出現一扇神奇的時空之門，一隻可愛的生物出現，卡歐先生驚訝的說，這是魔法島上的生物呀！他叫波咖波姆，是在春天才會出現的！怎麼會在這裡呢？為了幫助波咖波姆，他們決定去神

西元已經結束，自從人類開始移民其他星球，新的曆法就被稱為星曆（S.C.）。 透過空間跳躍之門相連結的移民星球，各行星間的獨立自治體制也已確立。 之後先後成立了「宇宙行星聯合」及其旗下各組織，包括本作主角所屬的GOTT。 ES member是由GOTT之中精選出來，擁有特殊能力的特務人員。 在星際之間

巧虎的妹妹小花，夢見一棵神祕的大樹在求救，卡歐先生告訴他們。這是生長在霧之島的天空樹，是維護森林的母親之樹。天空樹為什麼求救？霧之島遇到什麼危險了嗎？巧虎他們決定一同出發前往霧之島。在霧之島，巧虎他們遇見了守護天空樹的洛亞跟霧島族人，才發現原來有人在傷害天空樹，到底是誰呢？巧虎跟洛亞他們要如何克服困