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2002年冬天，十三名假面騎士只剩下龍騎、夜騎、鐵兵、王蛇、花夢五個人以及尚未現身的『第六位假面騎士』。 神崎士郎召集殘存的假面騎士們，五人必須在三天內分出勝負，否則無法實現他們的願望。 而此同時最後的參戰者『第六位假面騎士』龍牙現身了。 在重重的謎團包圍之下，一眾假面騎士的最後戰鬥開始了。

小時候的雅也由于老爸和老媽的離婚，離開了故鄉小倉。年輕的老媽（內田也哉子飾）帶著他回到築豐老家，她一邊在小料理屋幫忙，一邊培養自己的孩子。學校放長假時，雅也也會去老爸住的地方。 　　上了中學，雅也想著從這個小地方出去，就這樣，他一直走到了向往的東京。但作為大學生的雅也（小田切讓飾）卻過著失敗的日子

調查神秘失蹤事件的記者城戶真司，被一只怪獸拉進鏡內。在鏡世界中，真司為假面騎士龍騎·榊原耕一所救，但榊原也身負重傷。臨終前榊原把變身卡盒和13騎士名單托付給真司，希望真司能夠阻止騎士大戰。逃出鏡世界後，真司開始尋找名單上的騎士們…… 　　 本特別篇有兩個結局，在首播時以電話投票形式讓觀眾決定最終結

在不久的將來，某一個國家，世界差不多已被「操冥使徒」（Orphnoch）所統治，而活下來的人類只有兩千餘人，躲藏在廢墟般的居住區，過著不知何時會被操冥使徒襲擊的日子。其中不甘於現狀的部份人類，組成了人類解放軍，頑強地對抗著操冥使徒。 人類間流傳著一個傳說：「有一天救世主Faiz會回來，斬裂黑暗，為