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怪盜基德對斧江財團位於北海道函館的收藏庫發出了預告信，然而奇怪的是，向來只愛盜取名貴珠寶的基德，這次鎖定的目標竟然是一把幕末時代的日本刀。在此同時，柯南與關西名偵探服部平次，正巧為了劍道大會也來到了函館，面對神秘的殺人事件以及基德的公然挑戰，柯南與平次能否成功阻止基德？而秘藏在刀裡的驚人真相又究竟為

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的雙塔摩天大樓時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。隨後又發生了殺人事件。殺人事件還在繼續，共同點是每名死者身邊都會留下一個小的酒杯。就在柯南和少年偵探團尋找兇手的時候，琴酒也得知他正在尋找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上

故事講述柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安妮·邦尼」、「瑪麗·瑞德」所遺留下來的寶藏傳說。

柯南用新一的身份在電話不自願地約會了小蘭，陪她看5月3日的午夜場電影，以便請求小蘭替他參加森谷帝二教授舉辦的茶會。柯南為此十分煩惱，不知如何掩飾他變小的事實。目送小蘭離開後，柯南接到一個電話，是來歷不明的炸彈客挑戰柯南！少年偵探團收到的引爆遙控飛機、被安裝了炸彈並裝著小貓的寵物籃，還有東都環狀線的五

兩年前，10歲的天才少年澤田弘樹在完成人工智慧後墜樓身亡。兩年後的某一天，眾多政商名流來到米花市政大樓。這裡正在舉行能夠一舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲機「繭」的發表會。他們的子女全都受邀參加。玩家可透過這個遊戲，進入虛擬世界中，體驗實地遊玩遊戲的快感。結合最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進

以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（Bell Tree Tower）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團陷入恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡

小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便儘快尋回佛像。同時間，東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查後，發現事件中的死者都是盜賊團「源氏螢」的成員，毎人都有一個代名，以《義經》內的傳統人物命名。服部亦

6件大範圍的連續殺人事件發生在東京周邊的數個地區。目暮警官以及曾在動畫版出現過的其他警察集合召開搜查會議，小五郎也以特別顧問的身份被邀請前去參加。此時柯南卻因為一個偶然的契機，發現一個警察從會議中離席，並乘上了保時捷356A-琴酒的車離去！！「黑暗組織」的一員居然潛入了搜查會議，連續殺人事件莫非是「

與毛利小五郎有關係的人逐個遭到不明兇徒的襲擊。兇徒襲擊後都會留下一張撲克牌，而被認為與曾任荷官且被毛利逮捕的村上丈有關，但這只是兇手的圈套。

正當東京街頭充滿萬聖節氛圍時，澀谷 HIKARIE 正在舉行婚禮，而婚禮現場有著身穿禮服的佐藤刑警。正當柯南一行人在現場觀察著來賓時，現場突然闖進了一名暴徒，而為了保護大家的高木刑警卻因此身陷危機？！雖然後來事件安全落幕，但佐藤卻回想起了 3 年前的連續爆炸案件，而當時殉職的松田刑警恰巧與高木刑警的

朝倉市長收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由市長主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取市長性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉市長歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來

怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室秘寶「回憶之卵」。柯南與服部聯合保護「回憶之卵」，但把作案時間推理錯誤令基德得逞，但基德於逃走中途被狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。

專針對警察的連續殺人案件發生了，警察內部引起巨大的回響。對於想得到案件情報的小五郎，目暮警部卻意外地守口如瓶。看到如此情況的柯南，聯想到事情可能和警察內部有莫大的關係。然後，下一個被槍擊的目標居然是佐藤刑警，剛巧在案發現場出現的小蘭受到案件的刺激而被弄至失憶。犯人為了殺人滅口，於是企圖把唯一的目擊證

某一天，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。委託內容是關於怪盜基德的預告信，信中指出怪盜基德將在舞台上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指——「命運的寶石」。在劇場裡錯綜複雜的人群中，怪盜基德到底會假扮成誰出現在大家面前？不過，「命運的寶石」終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北

世界最大的體育盛會「WSG -World Sports Games-」暌違多年將在東京舉辦。日本為盛大舉行開幕儀式，展現日本最尖端技術──世界首創最高時速1000km的「真空超電導新幹線」，在新名古屋站和東京之間開通！在世人目光的注視下，知名大會贊助商匯集的會場中，各大企業老闆光天化日下相繼被綁架。

在神秘委託者的招待下，小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座遊樂園，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這

海外超人氣偶像艾米里歐前往日本舉行演唱會，但他卻收到一封來自神秘組織的黑函，要求他停止演唱會，否則就會喪命。艾米里歐求救於毛利小五郎時，柯南也發現魯邦一夥計畫在艾米里歐演唱會的當日竊取秘寶：櫻桃藍寶石。 演唱會當日，五萬人雲集東都體育場，少年偵探團的小夥伴們也參與盛會，柯南與灰原哀潛行其中，尋找櫻

11月20日（週日），東都體育場。江戶川柯南和少年偵探團等在興致勃勃地觀看東京Spirits隊與大阪鋼巴隊的足球比賽。與此同時，毛利偵探事務所的電話突然響起，是大規模爆炸的預告電話！這並不是遊戲，也絕非虛張聲勢。就像對小五郎的挑釁一樣，道路上的汽車就在他眼前發生了爆炸！要阻止接下來的爆炸只有一個辦法

一個月黑風高的晚上，某個間諜趁隙滲透日本警方，欲竊取各國情報局的機密檔案，包括英國 MI6、德國 BDN、美國 CIA，甚至還有 FBI 等各國諜報機構。幸好安室透(波本)領導的日本公安局及時趕到，間諜想利用偷來的車逃脫，於高速公路上展開激烈追逐戰，其他的車輛也被捲入，千鈞一發之際，卻被FBI探員赤