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由杜勳頓所帶領的海盜集團，在海中取得有「蒼海的王子」之稱的瑪納霏的蛋，企圖用以不法之事。但隨即被從中臥底的神奇寶貝保育家傑克·渥卡所奪走。 之後，小智等人在旅途中因缺乏水源，而與一群為「水之民」後代的馬戲團家族結識。當晚小遙夢見一座神殿。後經廣美的解說，眾人方知他們正在替傑克保管瑪納霏的蛋，而那神

在現實世界諸事不順的大雄，抱怨這個世界沒有魔法。某天他無意間發現自己跟哆啦A夢的石像，正好奇這些石像的來龍去脈時，憧憬魔法的大雄突發奇想使用「如果電話亭」實現夢想，而石像亦隨之消失。可是，變出來的魔法世界並不是大雄的理想國，所以讓大雄感到沮喪。有名的魔法研究者——滿月博士告知大家一個可怕的消息：魔界