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從春季高中排球大賽[2]宮城縣選拔賽到春高的前兩輪中，烏野高中連克勁敵。 在春高第二輪擊敗了來自兵庫縣的稻荷崎高中後，烏野高中將要面對的是東京傳統強隊——音駒高中。 兩隊曾有過幾次練習賽，隊員們之間彼此惺惺相惜，不過從未在正式比賽上交手。 這場相約已久的「垃圾場決戰」，即將拉開帷幕——

15歲的高一少年「秋月孝雄」，以成為職業鞋匠為人生目標。為夢想邊打工邊學習製鞋技巧的他，每當下雨的早晨，必定會翹課到日式庭園開始為鞋子繪製素描。某日他在下著雨日式庭園裡，邂逅獨自喝著罐裝啤酒的謎樣女性「雪野百香里」。 雖然兩人沒有特別約定，但他們卻總在下雨的早晨時刻一再重逢……為了迷失人生方向的雪

高校排球選手日向決意奪下全國大賽冠軍，為此甚至願意與昔日的對手影山搭檔。

以決鬥守護新童實野市的不動遊星，被為了毀滅世界從未來而來的神秘男子・帕拉杜克斯將自己的王牌怪獸星塵龍奪走。接著遊星進行時間旅行，來到能使用卡片精靈之力的遊城十代的所在。遊星在這裡得知事件的真相。那個真相究竟是？為了追趕帕拉杜克斯，來到傳說的決鬥者・武藤遊戲時代的遊星，跟十代與遊戲相遇，誓言合力一戰。

一場國際水資源交易會上爆發警員大屠殺群眾事件，背後是駭客「火種」的技術所造成，其有入侵電子腦操控任何人的能力，電子世界陷入莫大危機，草薙小隊將力挽狂瀾。

此劇場版的時序在漫畫第11期及12期之間，故事背景跟原著相同，架構在一個鍊金術相當發達的世界，鍊金術是必須按照「等價交換」來理解、分解及再構造物質。希望讓母親復活的愛力克兄弟由於曾進行禁忌的人體鍊成失敗，導致愛德失去了左腳、阿爾失去了身體。於是愛德犧牲了右手，將阿爾的靈魂安置在盔甲裡。之後，為了回復