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生活在九州鄉間的17歲少女鈴芽，某日遇到一名「為了尋找門」而四處旅行的神祕青年草太。好奇的鈴芽尾隨草太進入山中的廢墟後，在那裡發現了一扇宛如遭逢崩塌毀壞後，所留下的陳舊之門。在神祕之門的引導下，鈴芽踏上了一段奇妙的關門之旅……。

故事為全新的原創劇本，時空約略是在原作的「天狼島事件」後不久，納茲與露西以及格雷、艾露莎等人在一次同樣誇張到難以收拾的盜賊團殲滅任務之後，回到工會據點，卻在此時遇上了罹患失憶症的少女艾克蕾雅與其同伴一隻不可思議的鳥兒蒙蒙，在得知了她們的未來可能遭遇危險之後，露西等人自告奮勇成為艾克蕾雅的護衛，但也就

宮藤芳佳在摧毀涅洛伊巢穴的戰鬥中失去了魔力。 501部隊解散後，她回到家鄉扶桑，久違地過上了平靜的生活，但在前上司坂本等人的安排下，她決定出國留學，去歐洲的一所醫學院學習。 宮藤與坂本在海軍學院的學生服部静夏再次前往歐洲。 同時，前501部隊的成員分散在各地，過著各自的生活，但在宮藤返回歐洲並出現新