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故事描述源起於 2029 年 3 月，當時發生了堪稱是戰後最大事件的「總理大臣暗殺事件」。草薙素子的前上司、任職於陸軍 501 機關的徠津也是事件受害者之一…。素子聚集了巴特、以及德古沙等夥伴開始進行搜查。在事件背後竟是義體開發的技術障礙「死亡終結」所牽扯到的政治陰謀，以及電腦病毒「火種」的存在。

受軍事審判的曾我上校利用軍事網路科技於獄中發動恐怖活動反擊，卻聲稱僅為了洗清自己冤情，草薙素子展開調查的行動也促成了日後公安九課隊伍的成型。

一場國際水資源交易會上爆發警員大屠殺群眾事件，背後是駭客「火種」的技術所造成，其有入侵電子腦操控任何人的能力，電子世界陷入莫大危機，草薙小隊將力挽狂瀾。

2027年6月6日，在熱鬧的市區街道上，屬於陸軍機密部隊501機關的真室中佐被殺，在這之前，他陷入一樁跟軍火買賣有關的貪污弊案，因此他的被殺事件背後有著無數的謎團。 在某個夜晚，警察單位的九課課長荒卷大輔想拿回真室的電子腦，因而在真室中佐的墳墓邊遇到了生化人草薙素子，這是他們第一次相遇。這個時候的

小國卡爾迪斯的獨立戰爭在多年以前被鎮壓，領導斯庫拉薩斯也被殺，然他卻又疑似復活在日本主導多起恐怖爆炸案，草薙小隊奉命調查真相。

原本小新和家人一起過著刺激又和平的日常，某天，一名自稱「屁祖隱千代女」的女性造訪了野原家，還帶來了一個爆炸性的消息，她說自己才是新之助真正的母親，小新其實並不是野原家的小孩？同時她身邊帶著一位名叫「珍藏」的5歲少年。當天晚上，千代女與珍藏留宿在野原家中，但是某個不知名的忍者軍團卻襲擊了野原家，這才爆

《Arise》於2015年重製成10集電視動畫《攻殻機動隊Arise - Alternative Architecture》，前八集由劇場版四部曲重新剪輯而成，最後兩集「Pyrophoric Cult」為完全新作故事，內容則是圍繞著將故事導引至《攻殼機動隊 新劇場版》的電子腦病毒：火種，所帶來的衝擊