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在《精英部隊1》的故事結束3年後，《精英部隊 2》中巴西裡約特別警察行動部隊隊長納西門托的個人和家庭生活成為了續集篇的主綫。裡約特別警察在平復一次監獄暴動的行動中吃了大虧，傷及元氣，盡管擔當隊長之職的納西門托仕途平步青雲，但也因為這次事件的影響受到了牽連。與此同時，一場大規模的政治鬥爭在巴西的土地上

以野良（黃秋生飾）、麒麟（小田切讓飾）父子為首的假貨集團，生意做得無法無天，稱霸整個巴西地下市場，生意之大幾乎養起聖保羅市半數人，勢力之深更能干預警方內部，巴西政府對野良其不斷擴張的勢力更是朿手無策。 然而，再大的勢力都有崩壞的一日。對外有來勢洶洶的台灣幫的侵略、對內野良被好友出賣，一手建立的假貨王