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軌道電梯「首都塔」專門用來將地球的能源「光子電池」從宇宙運送過來。負責保護首都塔的「首都護衞團」候補生貝利，在第一次實習時遇到宇宙海賊襲擊，並協助將之捕獲。貝利在被捕的海賊少女艾達身上，感受到某種不可思議的東西；不知為何，他竟能啓動艾達稱之為「G-Self」的高性能機動戰士。以宇宙世紀結束後的時代—

貝利他們所搭乘的母艦從金星出發，追尋吉多團，然而地球圈的戰況已有變化。大氣圈外不停重複上演越趨激烈的衝突…。

德蘭森為了救出貝利他們而出擊，突襲海賊部隊的母艦「梅格法納」。而被迫在地心軌道上進行宇宙戰鬥的貝利，沒有察覺自己在跟恩師對決，駕駛 G-Self 迎擊。另一方面，首都軍要求海賊部隊交出 G-Self 與拉拉雅‧曼蒂，接連讓駕駛艾爾夫‧布魯克的面具部隊，與貝克率領的巫夏隊出擊。這整起事件背後，有著足以

為了拯救地球資源枯竭而生的「光子電池」。由於地球上並沒有該裝置的製造能源，貝利與艾達他們所搭乘的母艦為了獲得能源離開了地球圈，前往金星宙域。

住在珊格特·波爾德的美軍航艦遭到突擊。原來是因為殖民衛星國家永賀立定了返回地球的目標而啟動了「Reconguista」作戰為導火線。他們集結了珊格特·波爾德裡地球內外的4大勢力，各自為了爭奪主權而意見紛擾。而位在月球另一側的永賀國，貝利與艾達得知了令人衝擊的消息…。