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怪盜基德對斧江財團位於北海道函館的收藏庫發出了預告信，然而奇怪的是，向來只愛盜取名貴珠寶的基德，這次鎖定的目標竟然是一把幕末時代的日本刀。在此同時，柯南與關西名偵探服部平次，正巧為了劍道大會也來到了函館，面對神秘的殺人事件以及基德的公然挑戰，柯南與平次能否成功阻止基德？而秘藏在刀裡的驚人真相又究竟為

美音是世界上最受人喜愛的歌手。聲音在隱藏其特徵的同時發出，被形容為「另一個維度」。她第一次出現在公眾面前的現場表演將舉行。五顏六色的海賊注視著海軍，以及草帽一伙所有人都期待著她的聲音，而全世界期待已久的歌聲即將在大廳里迴蕩。這個故事源於美音是「紅髮傑克的女兒」的震驚事實。嚟自四方八面的人馬為爭奪美音

柯南與少年偵探團受邀來到八丈島海域賞鯨，卻意外捲入黑暗組織的陰謀事件。柯南收到赤井秀一的消息，得知有一位歐洲刑警機構職員遭到琴酒殺害，於是決定潛入海洋設施「太平洋浮標」進行調查，然而在調查過程中，灰原哀的生命卻陷入險境。柯南能否順利救出灰原？灰原的真實身分是否會被發現？新的黑影PINGA又是誰？

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的雙塔摩天大樓時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。隨後又發生了殺人事件。殺人事件還在繼續，共同點是每名死者身邊都會留下一個小的酒杯。就在柯南和少年偵探團尋找兇手的時候，琴酒也得知他正在尋找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上

故事講述柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安妮·邦尼」、「瑪麗·瑞德」所遺留下來的寶藏傳說。

又是一個平靜的日子，內褲愛好者八寶齋四面出擊，惹得亂馬、小茜、良牙、珊璞等人紛紛加入進來，在鎮上惹出巨大的騷動。正當眾人鬧得不可開交之時，一頭裹挾著黑色殺氣的大象突然襲來。它和美麗的主人向八寶齋發起攻擊。與此同時，天空陰雲密布，一艘巨船出現在空中。他們是來自中國內地寢崑崙的七福道神，這群神秘之人不僅

柯南用新一的身份在電話不自願地約會了小蘭，陪她看5月3日的午夜場電影，以便請求小蘭替他參加森谷帝二教授舉辦的茶會。柯南為此十分煩惱，不知如何掩飾他變小的事實。目送小蘭離開後，柯南接到一個電話，是來歷不明的炸彈客挑戰柯南！少年偵探團收到的引爆遙控飛機、被安裝了炸彈並裝著小貓的寵物籃，還有東都環狀線的五

本片由三段互無關聯的故事組成。《她的回憶》：2092年，由伊瓦諾夫領導的太空垃圾回收飛船在返航途中接收到來自「宇宙墳場」的求救信號，特殊的是，信號中摻雜著歌劇《蝴蝶夫人》的唱段。隊員漢茲與米格爾前往施救，卻進入了一位歌劇演員艾娃的回憶，這些栩栩如生的回憶場景對船員們產生了威脅；《最臭兵器》：供職於製

兩年前，10歲的天才少年澤田弘樹在完成人工智慧後墜樓身亡。兩年後的某一天，眾多政商名流來到米花市政大樓。這裡正在舉行能夠一舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲機「繭」的發表會。他們的子女全都受邀參加。玩家可透過這個遊戲，進入虛擬世界中，體驗實地遊玩遊戲的快感。結合最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進

以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（Bell Tree Tower）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團陷入恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡

犬夜叉與殺生丸的父親犬大將在死後留下了三把牙刀，俗稱「三劍」，而這三把劍據說擁有能控制三界（天堂‧冥界‧人間）之力量。 這三把劍分別是犬夜叉持有的「鐵碎牙」、殺生丸持有的「天生牙」、以及在日暮籬家的日暮神社被當成寶劍供奉的第三隻牙「叢雲牙」。 叢雲牙其實是一把非常恐怖的魔劍，上頭附有千年的邪靈，

小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便儘快尋回佛像。同時間，東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查後，發現事件中的死者都是盜賊團「源氏螢」的成員，毎人都有一個代名，以《義經》內的傳統人物命名。服部亦

6件大範圍的連續殺人事件發生在東京周邊的數個地區。目暮警官以及曾在動畫版出現過的其他警察集合召開搜查會議，小五郎也以特別顧問的身份被邀請前去參加。此時柯南卻因為一個偶然的契機，發現一個警察從會議中離席，並乘上了保時捷356A-琴酒的車離去！！「黑暗組織」的一員居然潛入了搜查會議，連續殺人事件莫非是「

與毛利小五郎有關係的人逐個遭到不明兇徒的襲擊。兇徒襲擊後都會留下一張撲克牌，而被認為與曾任荷官且被毛利逮捕的村上丈有關，但這只是兇手的圈套。

正當東京街頭充滿萬聖節氛圍時，澀谷 HIKARIE 正在舉行婚禮，而婚禮現場有著身穿禮服的佐藤刑警。正當柯南一行人在現場觀察著來賓時，現場突然闖進了一名暴徒，而為了保護大家的高木刑警卻因此身陷危機？！雖然後來事件安全落幕，但佐藤卻回想起了 3 年前的連續爆炸案件，而當時殉職的松田刑警恰巧與高木刑警的

假冒「天宮的公主」的神久夜（音同竹取物語的女主角輝夜），住在本棲之湖的對鏡裡的夢幻城中。是一隻能吃掉對方然後吸收對方能力的妖怪(類似跟奈落一樣)，她吃掉天宮真正的主人天女後，擁有了天女長生不老的肉體。她能以「明鏡止水之法」妖術停住時間，毀滅一切。 五十年前村中的男人偷走神久夜想要奪取天女的羽衣，盛

朝倉市長收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由市長主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取市長性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉市長歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來

怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室秘寶「回憶之卵」。柯南與服部聯合保護「回憶之卵」，但把作案時間推理錯誤令基德得逞，但基德於逃走中途被狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。