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德川幕府末期，來自外太空的天人降臨，江戶完全處於他們的統治之下。在此之後，天人文明高度發達，高樓大廈拔地而起，電車電話遍布大街小巷。在這座現代化都市的一隅，平素裡懶洋洋但骨子裡仍秉持著武士之魂的坂田銀時經營著一家接受客人各種委託的萬事屋。在存在感稀薄的志村新八和夜兔族倖存者神樂圍繞下，萬事屋度過繁忙

宇宙世紀（U.C.）0068年，慕佐自治共和國的吉翁‧茲姆‧戴昆在發表獨立演講時猝死於眾人面前，引發風潮。受困於此的戴昆家兄妹在經歷一系列變故後自宇宙都市逃往地球。

日本第五次聖杯戰爭結束後，美國西部的史諾菲爾德出現了充滿虛偽的聖杯戰爭，魔術師和英靈們即使深知這是場虛偽的聖杯戰爭，仍舊在此之上不斷舞動。不在乎真假，只為貫徹自身的信念。

宇宙世紀0079年，就連宇宙都變成了人類的戰場。勢如破竹的吉翁軍進行了導致世界人口半數死亡的不列顛作戰（殖民星墜落）。另一方面，地球聯邦軍為了挽回劣勢以壓倒性戰力來對抗。薩比家錯綜的陰謀、被難以改變的命運玩弄於掌心的雪拉‧瑪斯、成為吉翁軍駕駛員的蘭巴･拉爾及哈蒙，就連在SIDE 7 平穩過日的阿姆羅

宇宙世紀0071年。脫離SIDE 3，慕佐自治共和國後3年。吉翁‧茲姆‧戴昆的遺孤卡斯巴爾跟阿爾黛西亞兄妹，與金巴‧拉爾一起逃往地球，並寄住在提亞波羅‧瑪斯家中，改名為愛德華·瑪斯與雪拉·瑪斯，開始過著平穩的日子。而一直追蹤他們的薩比家的魔爪，悄悄地再次逼近…。此時，SIDE 3將國名更改為吉翁自治