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太陽風曝喚醒了潛藏於地球深海及地殼的Spark Dolls及怪獸，也吸引了大量外星人來襲地球。為對應這些危機，地球成立了名為「Xeno Invasion Outcutters（異種入侵防衛隊）」，簡稱「XiO」的組織。而15年之後，Xio的隊員，大空大地，則在姻緣際會下，成為了「超人力霸王X」，與這

科學家國分寺博士在地下遺跡考古的時候發現了謎之古代人“超古代繩文人”遺留下來的壁畫，預言外星人將會侵略地球，同時留下了一張機器人設計圖。後來他設立了國分寺研究所，根據壁畫上的設計圖開發了激鋼牙3，並且挑選了青雲學園的三名15歲的高中生天空健、海燕丈、大地明為機師，合力抵抗外星人的侵略。與此同時，之前