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在顯示出救世主身份不久後，尼歐（Neo）進一步學會運用他在母體（Matrix）的超級能力，包括看清周圍人和物的代碼，以及飛行。人類的革命也劇烈反轉，越來越多的人從母體中獲得了自由。此時尼歐開始不斷地夢見崔妮蒂（Trinity）的死亡。另一方面，機器聚集了一支大軍進攻人類抵抗的中心：真實世界最後的城市

威爾蕭（亨利卡維爾 飾）與家人一同前往陽光普照、風光明媚的西班牙海灘度假時，家人竟遭到情治單位綁架！在所剩不多的時間內，他必須隻身營救家人並尋回一只神秘手提箱， 卻也同時挖掘出父親長久以來隱藏的秘密與政府背後不為人知的一個重大陰謀。