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收集到關都八個道館徽章的小智與他的同伴，某日，和海盜風格的訓練家(台譯：美國男)戰鬥完後，忽然收到快龍送來的信，內容說是要邀請他們和「全世界最強的訓練家」會面，地點是新島的神奇寶貝城，他們就毫不遲疑的前往。然而這其實是被人類以複製方式所創造出的神奇寶貝—超夢為了報復，所設下的陷阱。而這時，在亞馬遜叢

故事的背景舞台設定是2030年代的虛構日本城市新濱市，經過第三次和第四次世界大戰洗禮的近未來科技已可將人類除大腦外的所有身體器官用生化電子的義體代替，並將人類大腦改裝成與具有網際網路功能的電子腦。上層社會和有經濟條件的中產階級人類紛紛進行義體手術，加裝先進的電子腦，並用性能更高的人造假肢替換原有的身

小智、小霞和小剛接受神祕訓練家之邀，碰上一心對戰的人造寶可夢：超夢。本片採用三維電腦圖形技術，翻拍火紅的寶可夢系列電影的第一部作品，重述超夢令人難忘的出身。

真新鎮的小智以成為寶可夢大師為目標，但他啟程的第一天卻睡過了頭，使他沒能拿到三個初學者寶可夢（妙蛙種子、傑尼龜、小火龍）中的任何一個，而是得到一隻不願意進入寶貝球的皮卡丘。儘管小智很希望與皮卡丘成為朋友，但皮卡丘不領情，不斷以電擊攻擊小智，他的某次攻擊意外命中了烈雀，憤怒的烈雀群起追擊小智與皮卡丘，

一百年前，沙漠城市「荒漠市」因寶可夢們的對戰而蒙受極大損害，這場對戰的開端，則源自某隻寶可夢的存在。然而這隻寶可夢遭到某個人封印，如今荒漠市已恢復以往的寧靜。 小智與皮卡丘等人在旅行途中，遇見擁有「能從光環拿出所有物品」能力的幻之寶可夢—胡帕，以及照顧牠的少女「梅雅利」。愛搗蛋的胡帕，以從那個神奇

綠色草原，是個能夠使人和神奇寶貝都心境安寧的地方，在這裡住著秀力博士和他的女兒小美，有一天，秀力博士在遺跡裡研究神秘神奇寶貝-未知圖騰的時候，不小心被吸進異次元內，小美十分思念父親，沒想到竟因此喚醒了未知圖騰。未知圖騰將小美的心靈以結晶化呈現，最後更創造出小美最喜歡的傳說神奇寶貝-炎帝，小美因此誤以

此時的德國正要面對著第一次世界大戰戰敗後所產生的惡性通貨膨脹。 愛德華來到一個無法使用鍊金術的世界（即現實世界），為了尋找回到原本世界的線索，便與酷似弟弟的青年阿爾馮斯·海德利希一起進行液態燃料火箭的研究，但對愛德華而言，漫長的兩年時光過去，相對能找出回到原來世界的機會也越來越渺茫。 一日，與阿

在電影開始開篇，場景被設置在40年前的一片大森林中。一個叫雪成的男孩想進去那個森林去畫畫，在森林內，雪成遇到了被神奇寶貝獵人追捕並受重傷的雪拉比，當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候，雪拉比帶著雪成到了40年後（現代），正好小智他們在這森林裡，他們救了雪成，雪成告訴了小智他們關於時拉比的事，小智他

水都奧多馬雷，相傳在這裡有兩隻傳說神奇寶貝——拉帝歐斯與拉帝亞斯，秘密地看守著守護這座城市的寶石：心之水滴。小智一行人正好造訪這裡，參加完水上競速賽後，並從當地居民口中得知這項傳說。這時，聞名世界的怪盜姊妹出現了，她們為了奪取心之水滴，利用探測器，找出了變成人型的拉帝亞斯，想藉此查出心之水滴的下落，

寶可夢廣場是爲寶可夢而準備的遊戲場所。皮卡丘、波克比、傑尼龜，還有一些大家熟悉的寶可夢們，都在那裏快樂遊玩。但，皮卡丘與傑尼龜等同伴因爲小事跟別的寶可夢吵起來，吵醒了在睡覺的波克比，也引起了一場意外......

小智一行人抵達了小光預備參加寶可夢華麗大賽的白楊鎮，在那裡他們認識了駕駛熱氣球的女子艾莉絲、其青梅竹馬東尼歐，以及艾伯特男爵。由於艾伯特男爵認定隱居於城鎮庭園中的黑暗寶可夢-達克萊伊是近日來破壞城鎮的元兇，並準備討伐牠。 然而東尼歐的想法卻不同，他偵測到在白楊鎮的上方有一股異常的衝擊波，而那正是傳

鬼靈精怪的安雅從小就在孤兒院長大，有一天，兩個奇怪的男女突然決定要認養安雅，沒想到，他們竟然是有法力的巫師！？以學習魔法作為交換，安雅成為女巫的助手，與會說話的小黑貓及巫師同住在一個屋簷下。日子一天天過去，女巫除了指使安雅打雜外，從來沒有教她任何魔法，被欺騙的安雅決定與小黑貓聯手，對女巫進行反擊大作

很久以前，在歐魯德朗城曾經爆發一場很嚴重的戰爭，勇者亞朗於是決定藉助世界初始之樹及夢幻的力量來平息戰爭，為了不讓自己的神奇寶貝-路卡利歐跟自己一起犧牲，亞朗於是並將牠封印在權杖內，就這樣過了好幾百年......。小智一行人來到了歐魯德朗城，在這裡正舉辦歌誦勇者亞朗的慶典，他們換上了當地的服裝，小智還

在這個世界上有一個神秘的鏡子反射般的世界。在那裡沒有所謂的美麗，是騎拉帝納棲息之處。可是因為帝牙盧卡與帕路奇犽的戰鬥，時空開始扭曲，反轉世界被稱為黑色瘴毒的雲層給覆蓋。看到自己的棲身之所被玷汙而震怒的騎拉帝納，找到了罪魁禍首帝牙盧卡，並打算將其帶入反轉世界。另一方面，在小智等人跟前出現了樣子迷你可愛

小智一行人在旅行途中突然遇到「夢幻神奇寶貝」-波爾凱尼恩從天而降，其落下的衝撃讓小智與波爾凱尼恩被奇妙的裝置聯繫在一起，被波爾凱尼恩給牽著走的小智等人來到了有巨大齒輪的都市阿佐特王國… 擁有不停轉動的巨大齒輪的超級機關城市——阿佐特王國的大臣賈維斯，得到了他長年所追尋的終極發明。那就是500年前誕

小智一行人為了觀看一千年才出現七天的千年彗星，而來到了某處，正好有移動式遊樂園也到了這裡。在遊樂園內，他們認識了魔術師巴特勒與他的助手黛安。在表演中，小勝不時聽到有人在呼喚他的聲音，巴特勒得知後，並告訴他們有關基拉祈的事，同時將沉眠之繭交給他們。傳說當千年彗星造訪地球的時候，只要有心地純真的人當搭檔

傳說中創造世界的神奇寶貝阿爾宙斯，在某次災難中拯救了世界不被滅亡，但卻身受重傷，是達摩斯救了他。 之後，為了使米季納的土地復甦，阿爾宙斯將其生命寶玉借給達摩斯，並約定在下一個日蝕之日歸還，但達摩斯卻背叛了誓言。 阿爾宙斯長眠前，許下「當我下一次醒來後將對人類進行制裁」的誓言。 在阿爾宙斯甦醒之

故事延續靈魂人物剎那·F·塞耶上回與變革者首腦－里朋斯·阿爾馬克最終決戰結束後，過了兩年，也就是西元2314年，地球上空突然出現一艘沒有生命反應的木星探查船…。原來，這是一艘遠在130年前已製就太陽爐的探查船。 正當大家對它卸下設防，誰知，突然冒出未知物體，也就是ELS（Extraterrestr

四年前，一顆隕石墜落至極地，從中誕生出DNA神奇寶貝-代歐奇希斯，居住在臭氧層的天空神奇寶貝—烈空坐，因而認為代歐奇希斯侵略牠的領域，雙方展開了一場激烈的殊死戰。戰況到了最後，烈空坐原本陷入一面倒的慘況，讓代歐奇希斯鬆懈了下來，沒想到代歐奇希斯卻一時大意，被烈空坐最後的破壞死光消滅，其核心沉到了海裡