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一群與生俱來就有特異功能的人士，在本身也具超人質量的X教授領軍之下，成立了一支共同維護地球和平的X戰警。由於X戰警表現突出，獲得喝采。此時，由另一特異功能人士──萬磁王，所領軍的邪惡戰警則開始在世界掀風起浪。而一位反X戰警的美國參議員，則極力要促成政府將這些所謂超人控管，並煽動人類與戰警之間的衝突。

美國總統遭到神祕刺殺後，X教授的訓練學校被史提克將軍下令突擊，並逮捕數名學生。史提克將軍的意圖令X教授感到困擾，加上一種會令變種人致命的全新病毒被人類研發出來，引爆兩族群間的仇恨與戰火。邪惡變種人領袖萬磁王，為完成終極的報復行動，為維繫變種人的生存，決定向X教授投誠。面對人類與變種人之間的宿怨與仇恨

故事背景設定在60年代──太空時代的開端，那個時期是歌舞昇平、充滿希望的年代。但也是冷戰的高峰，美國與蘇聯間逐漸升高的緊張局勢，對全球造成威脅，世界也在此時發現變種人的存在。 每個人都擁有超能力，但是有的人一輩子都不曾開發，有的人則因為展現了其特殊能力而被視為異類，並且遭受排擠。所謂的「X戰警」就

【X戰警：最後戰役】以【X戰警】三部曲的最終決戰推進故事，變種人的處境出現了「治療」的可能，歷史將由此改寫。這是第一次變種人擁有他們的選擇，繼續保持特殊能力，忍受著孤獨和被疏遠，或者放棄這些力量成為平凡的人類。變種人內部出現了兩派意見，主和派的首腦X教授，他總是主張寬容為大，主戰派的萬磁王則堅信適者