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很久以前，在歐魯德朗城曾經爆發一場很嚴重的戰爭，勇者亞朗於是決定藉助世界初始之樹及夢幻的力量來平息戰爭，為了不讓自己的神奇寶貝-路卡利歐跟自己一起犧牲，亞朗於是並將牠封印在權杖內，就這樣過了好幾百年......。小智一行人來到了歐魯德朗城，在這裡正舉辦歌誦勇者亞朗的慶典，他們換上了當地的服裝，小智還

世界最大的體育盛會「WSG -World Sports Games-」暌違多年將在東京舉辦。日本為盛大舉行開幕儀式，展現日本最尖端技術──世界首創最高時速1000km的「真空超電導新幹線」，在新名古屋站和東京之間開通！在世人目光的注視下，知名大會贊助商匯集的會場中，各大企業老闆光天化日下相繼被綁架。

在電影開始開篇，場景被設置在40年前的一片大森林中。一個叫雪成的男孩想進去那個森林去畫畫，在森林內，雪成遇到了被神奇寶貝獵人追捕並受重傷的雪拉比，當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候，雪拉比帶著雪成到了40年後（現代），正好小智他們在這森林裡，他們救了雪成，雪成告訴了小智他們關於時拉比的事，小智他

綠色草原，是個能夠使人和神奇寶貝都心境安寧的地方，在這裡住著秀力博士和他的女兒小美，有一天，秀力博士在遺跡裡研究神秘神奇寶貝-未知圖騰的時候，不小心被吸進異次元內，小美十分思念父親，沒想到竟因此喚醒了未知圖騰。未知圖騰將小美的心靈以結晶化呈現，最後更創造出小美最喜歡的傳說神奇寶貝-炎帝，小美因此誤以

怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室秘寶「回憶之卵」。柯南與服部聯合保護「回憶之卵」，但把作案時間推理錯誤令基德得逞，但基德於逃走中途被狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。

最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出

水都奧多馬雷，相傳在這裡有兩隻傳說神奇寶貝——拉帝歐斯與拉帝亞斯，秘密地看守著守護這座城市的寶石：心之水滴。小智一行人正好造訪這裡，參加完水上競速賽後，並從當地居民口中得知這項傳說。這時，聞名世界的怪盜姊妹出現了，她們為了奪取心之水滴，利用探測器，找出了變成人型的拉帝亞斯，想藉此查出心之水滴的下落，

王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裡舉辦的「神奇寶貝足籃世界盃」，小智一行人向王冠市前進。在旅途中，小智們與正在尋找媽媽的神奇寶貝「索羅亞」相遇，並一起結伴同行。 就在此時，名為「索羅亞克」的神奇寶貝竟然化身成為雷公、炎帝、水君的模樣，在王冠市的街道上大搞破壞。就連

由杜勳頓所帶領的海盜集團，在海中取得有「蒼海的王子」之稱的瑪納霏的蛋，企圖用以不法之事。但隨即被從中臥底的神奇寶貝保育家傑克·渥卡所奪走。 之後，小智等人在旅途中因缺乏水源，而與一群為「水之民」後代的馬戲團家族結識。當晚小遙夢見一座神殿。後經廣美的解說，眾人方知他們正在替傑克保管瑪納霏的蛋，而那神

在遠離人煙的叢林深處，有著閒雜人等禁止進入、規矩森嚴的寶可夢樂園。在這座歐可亞森林裡，住著幻之寶可夢「薩戮德」，以及被其當作寶可夢養大的少年「可可」。對於自己是寶可夢這件事深信不疑的可可，某一天遇到了小智和皮卡丘，第一次交到了「人類朋友」。自己究竟是寶可夢？還是人類？當森林的危機逼近時，寶可夢與人類

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的雙塔摩天大樓時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。隨後又發生了殺人事件。殺人事件還在繼續，共同點是每名死者身邊都會留下一個小的酒杯。就在柯南和少年偵探團尋找兇手的時候，琴酒也得知他正在尋找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上

故事講述柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安妮·邦尼」、「瑪麗·瑞德」所遺留下來的寶藏傳說。

15年前，貨輪「第一八代丸」在北太平洋海上撞上冰山發生沉沒事故。沖田船長與三等航海士2人身亡。且在半個月前，八代造船的的船舶設計人八代英人在駕駛時心臟病發，墜落懸崖身亡。不同年代的2個事件，是將豪華客船的乘務員與乘客捲入巨大陰謀的序章。 由於園子的邀請，柯南一行人受邀參與豪華客船「愛芙羅黛蒂號」的

朝倉市長收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由市長主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取市長性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉市長歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國

前進偉大的航路的前進梅利號。船上乘載著阿拉巴斯坦的王女薇薇。被稱為沙漠之國的阿拉巴斯坦王國，從很久以來就一直被不降雨的異常氣象所困擾，但在親民愛民的國王寇布拉主政下，人人過著和平的生活。但是距今兩年前，降雨變得只在國王所居住的王城裡，同時，被世界政府禁止製造、持有的人工造雨粉、跳舞粉卻也在同一時候運

鈴木財團的顧問——鈴木次郎吉，終於完成了世界最大的飛行船「BELL TREE（「鈴木」之意）I世號」。這其實是他為了緝捕自認是競爭對手的怪盜基德，所安排的一場大規模計畫。他對怪盜基德下的戰帖是:「七天後，『BELL TREE I世號』將從東京出發到大阪，有本事就來把『天空的貴婦人』這顆大寶石給偷走吧

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來

小智、小霞和小剛接受神祕訓練家之邀，碰上一心對戰的人造寶可夢：超夢。本片採用三維電腦圖形技術，翻拍火紅的寶可夢系列電影的第一部作品，重述超夢令人難忘的出身。

11月20日（週日），東都體育場。江戶川柯南和少年偵探團等在興致勃勃地觀看東京Spirits隊與大阪鋼巴隊的足球比賽。與此同時，毛利偵探事務所的電話突然響起，是大規模爆炸的預告電話！這並不是遊戲，也絕非虛張聲勢。就像對小五郎的挑釁一樣，道路上的汽車就在他眼前發生了爆炸！要阻止接下來的爆炸只有一個辦法

傳說中創造世界的神奇寶貝阿爾宙斯，在某次災難中拯救了世界不被滅亡，但卻身受重傷，是達摩斯救了他。 之後，為了使米季納的土地復甦，阿爾宙斯將其生命寶玉借給達摩斯，並約定在下一個日蝕之日歸還，但達摩斯卻背叛了誓言。 阿爾宙斯長眠前，許下「當我下一次醒來後將對人類進行制裁」的誓言。 在阿爾宙斯甦醒之