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在魔宮帝國內有兩方人馬對峙，欲爭得世界統治者的地位。利剛、強尼凱子和蘇尼亞三位勇士代表正義的一方，另一批則以巫師「神掌」為首。利剛等三人必須以「闖關」的方式以求荒蕪的地球能繼續存活下去，他們獲得美麗的琪塔娜公主暗中幫助，希望能夠重建地球。

魔宮帝國第一集裡，雷電長老一行人擊敗了神掌等惡魔後，他們馬上又要接受一連串前所未有的挑戰。 這次的任務是捍衛地球，抵擋邪魔的入侵。詭譎多變的地球出現裂痕，霎那間天地變色，使得魔宮帝國裡的惡魔頭瘋康乘機入侵地球。他一心一意想殲滅所有生物，並且把地球納入魔宮帝國的版圖以便統治整個宇宙。 瘋康的絕命戰

忍者神龜們發現了變種物質的洩漏之處,但史萊德同時也發現這一秘密,於是他們之間又展開了新一輪的戰鬥,而忍者神龜們也在戰鬥中得到了提高!

忍者神龜被一把神奇的魔杖傳送到了17世紀的日本,他們將在那裡對抗邪惡的Norinaga勳爵,並奪回魔杖拯救紐約市!